Produktivitas pertanian suatu daerah dapat diukur dari luas panen dan jumlah produksi hasil pertanian dalam setahun. Tahun 2005, Dinas Tanaman Pangan dan Hortikultura Kabupaten Yapen Waropen mencatat bahwa luas panen jagung selama setahun adalah 89,95 Ha dengan produksi 147,38 ton. Dari nilai tersebut, diperoleh rata-rata produksi sebesar 12,39 ton/ha.

Kondisi wilayah Kabupaten Yapen Waropen yang terletak di sebuah pulau sebagian besar merupakan kawasan hutan. Kantor dinas kehutanan setempat mencatat bahwa di tahun 2005 luas kawasan hutan yang berfungsi sebagai hutan lindung adalah 15.283,87 Ha. Luas kawasan hutan sebagai hutan produksi 114.894,35 Ha, dan sebagai hutan PPA seluas113.153,40 Ha.

Nelayan merupakan salah satu mata pencaharian penduduk Yapen Waropen. Dari data Dinas Kelautan dan Perikanan setempat, diketahui jumlah rumah tangga nelayan pada tahun 2005 adalah sebanyak 4.205 rumah tangga. Hal ini menurun dibandingkan angka pada tahun sebelumnya yang mencapai 4.437 rumah tangga. Di kabupaten ini juga terdapat dua buah perusahaan perikanan yang terletak di distrik Yapen Selatan. Jumlah perahu dankapal penangkapan ikan yang ada pada tahun 2005 adalah 491 buah untukjenis perahu motor, 4.725 buah perahu tanpa motor, dan 6 buah kapal motor 5 - 10 GT.