Setelah dibahas secara maraton, akhirnya RUU tentang Perubahan atas UU No.22 Tahun 1999 tentang Pemerintah Daerah, dan UU No.25 Tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan Pusat dan Daerah (RUU Otonomi Daerah) disetujui untuk disahkan menjadi UU dalam Rapat Paripurna DPR. Rapat paripurna Dewan dipimpin Wakil Ketua DPR/Korpol Soetardjo Soerjogoeritno (F-PDIP) di Gedung Nusantara DPR RI, Senin. Hadir sebagai wakil dari pemerintah Menteri Dalam Negeri Hari Sabarno dan Menteri Keuangan Boediono. Dalam pemandangan akhirnya fraksi-fraksi berpendapat RUU tentang Perubahan atas UU No.22 Tahun 1999 tentang Pemerintah Daerah dan UU No.25 Tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan Pusat dan Daerah (UU Otonomi Daerah) merupakan karya momunmental karena berhasil diselesaikan dalam waktu yang sangat singkat. Disamping itu, menurut fraksi-fraksi DPR, kedua RUU tersebut telah memberikan pengaturan yang lebih terinci dan tegas tentang otonomi daerah, desentralisasi, penyelenggaraan pemerintah daerah dan penyelenggaraan keuangan daerah. Ketua Pansus Agustin Teras Narang dalam laporannya menjelaskan dalam pembahasannya draf RUU dari DPR dan Pemerintah dipersandingkan dan menjadi bahan acuan dalam pembahasan di Rapat Kerja yang terkompilasi dalam satu buku tebal dan disebut buku Babon atau Buku Induk. Menurut Teras, dalam sejarah pembahasan draf RUU oleh Pansus, baru pertama kali ini dipergunakan mekanisme mempersandingkan dua draf RUU dan digunakan sebagai bahan pembahasan. Dengan demikian akan memberi banyak pengalaman baru bagi anggota Pansus terutama dalam hal usaha mempersamakan persepsi terhadap substansi yang dikandung dalam dua Draft RUU yang berlainan struktur dan alur pikir pengaturannya. Disamping itu Pansus juga membuka akses kepada publik untuk memberikan masukan dengan melaksanakan Rapat Dengar Pendapat, dan Rapat Dengar Pendapat Umum dengan berbagai komponen masyarakat yang meliputi LSM, perguruan tinggi, dan pakar. "Pansus juga mengadakan audiensi dengan asosiasi daerah penghasil dan pengolah SDA, asosiasi pemerintah daerah dan asosiasi DPRD, " katanya. Rapat Dengar Pendapat antara lain dilakukan dengan audiensi dengan Forum Asosiasi Pemerintah Daerah dan Asosiasi DPRD (Apkasi, Adeksi, Adkasi, dan Apeksi, audiensi dengan The Asia Foundation dan Forum Pengembangan Kawasan dan dengan pakar yaitu Prof Dr Ryaas Rasyid dan Dr Pratikno dari UGM. Selain itu karena terbatasnya waktu, Pansus menggunakan Masa Reses untuk melakukan pembahasan RUU ini dan melakukan pembahasan secara konsinyir, serta melaksanakan rapat dengan spartan dan sangat intensif sehingga rata-rata peserta rapat melaksanakan rapat selama sembilan jam per hari, hingga larut malam bahkan kadang-kadang sampai pukul 01:00 dini hari. "Dalam pembahasannya Panja juga memutuskan untuk membentuk Tim Kecil agar pembahasan berlangsung intensif, kemudian dibentuk pula Tim Perumus dan Tim Perumus Kecil serta Tim Sinkronisasi yang ditugasi merumuskan dan mensinkronkan materi RUU yang telah berhasil dibahas Panja," jelas Teras yang juga Ketua Komisi II DPR ini. Mengenai materi yang belum berhasil disepakati dan diputuskan perumusan pengaturannya dalam Panja, dilakukan pembahasan dalam forum lobi. Panja RUU Perubahan UU No.22 /1999 melaksanakan lobi sebanyak 4 kali. Sedangkan Panja RUU Perubahan UU No. 25/1999 melaksanakan sebanyak 5 kali. RUU tentang Perubahan UU No. 22/1999 tentang Pemerintahan Daerah tersebut disepakati terdiri dari XVI Bab dan 240 Pasal. Sedang RUU Perubahan atas Undang-Undang No.25 Tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah disepakati terdiri dariXIV Bab dan 110 pasal. Menyinggung kekhawatiran publik bahwa revisi UU No.22 Tahun 1999 ini akan menarik kembali desentralisasi, Teras mengatakan, tidak terbukti. Sebab Pansus memutuskan penyelenggaraan pemerintahan berdasarkan asas desentralisasi dan dekonsentrasi serta tugas pembantuan dan prinsip penyelenggaraan pemerintahan daerah yang melaksanakan otonomi seluas-luasnya harus tetap dalam semangat dan koridor memperkokoh Negara Kesatuan Republik Indonesia. Pemilihan kepala daerah: Terkait dengan pemilihan kepala daerah (pilkada), Teras Narang mengatakan, hal itu mengacu pada ketentuan Undang-undang Dasar 1945 Pasal 18 yang menentukan bahwa kepala daerah dipilih secara demokratis, Pansus secara bulat menyepakati bahwa pemilihan kepala daerah dan wakil kepala daerah dilaksanakan secara langsung oleh rakyat. Dalam hal pengusulan calon kepala daerah dan wakil kepala daerah, Pansus juga berhasil menyelesaikan perbedaan pendapat yang sangat tajam yang timbul diantara anggota Pansus dan pemerintah. Sebagian besar fraksi menghendaki partai politik dan atau gabungan partai merupakan satu-satunya lembaga yang berwenang mengusulkan calon sebagai bentuk penguatan peran partai politik. Sedangkan Pemerintah berpendapat selain parpol dan gabungan partai dibuka peluang calon yang berasal dari perorangan/independen untuk memberikan kesempatan bagi semua calon pemimpin potensial yang ada di daerah menjadi pemimpin di daerahnya. Melalui berbagai forum lobi pansus akhirnya menyepakati bahwa dalam hal pengusulan calon kepala daerah dan wakil kepala daerah diusulkan secara berpasangan oleh partai politik atau gabungan partai politik yang memenuhi persyaratan perolehan kursi DPRD atau perolehan suara sah dengan prosentase yang ditentukan oleh undang-undang ini. Tapi partai politik atau gabungan partai politik wajib menerima bakal calon perseorangan yang memenuhi syarat dan memproses serta menetapkan sebagai pasangan calon melalui mekanisme yang demokratis dan transparan. "Dalam proses penetapan pasangan calon, partai politik atau gabungan partai politik memperhatikan pendapat dan tanggapan masyarakat," kata Teras. Sebagai penyelenggara pemilihan kepala daerah dan wakil kepala daerah, Pansus juga berhasil menyepakati dengan melalui forum lobby bahwa Komisi Pemilihan Umum Daerah yang selanjutnya disebut KPUD sebagai Penyelenggara Pemilihan Kepala Daerah secara langsung, dan dalam melaksanakan tugas pemilihan Kepala Daerah diwajibkan melaporkan secara berkala kepada Pemerintah Daerah dan DPRD setempat. "Rumusan pengaturannya adalah Pemilihan kepala daerah dan wakil kepala daerah diselenggarakan oleh KPUD yang bertanggungjawab kepada DPRD, dan dalam melaksanakan tugasnya, KPUD menyampaikan laporan dalam setiap tahap penyelenggaraan pemilihan kepala daerah dan wakil kepala daerah kepada DPRD," katanya. Sedangkan masalah-masalah strategis yang sempat dibawa dan disepakati dalam forum Lobby dengan Menteri Keuangan terkait dengan RUU Perubahan UU No.25/1999 antara lain terkait dengan usulan Perubahan Besaran Prosentase DAU dari Pendapatan Dalam Negeri Neto. "Akhirnya disetujui perubahan persentasi DAU menjadi 26 persen yang akan berlaku pada tahun 2008 dengan rumusan sebagai berikut: pertama, Jumlah keseluruhan DAU ditetapkan sekurang-kurangnya 26 persen dari Penerimaan Dalam Negeri Neto yang ditetapkan dalam APBN. Kedua, DAU untuk suatu daerah dialokasikan atas dasar celah fiskal dan alokasi dasar. Ketiga, celah fiskal sebagaimana dimaksud pada ayat (2) adalah kebutuhan fiskal dikurangi dengan kapasitas fiskal daerah. Keempat, alokasi dasar sebagaimana dimaksud pada ayat (2) dihitung berdasarkan jumlah gaji Pegawai Negeri Sipil Daerah.