• Visi Kota Jayapura adalah " Membangun Jayapura menuju kota BERIMAN yang Maju, Mandiri, dan Sejahtera
• "BERIMAN" sebagai akronim dari bersih, rapi, indah, manusiawi, aman dan nyaman.
• Secara maknawiyah "BERIMAN" berarti yakin terhadap Tuhan yang Maha Esa serta takwa atas aturan-Nya. Bila hal itu dijadikan sebagai landasan bertindak bagi masyarakat Kota Jayapura maka akan memperoleh keberhasilan yang maksimal.

Dalam rangka mencapai Visi tersebut diatas, maka Misi Kota Jayapura adalah :

• Menjadikan Kota Jayapura Agamais, hidup takut dan taat kepada Tuhan.
• Mewujudkan Kota Jayapura yang mekin bersih, rapi, indah, manusiawi, aman dan nyaman.
• Mewujudkan kemajuan, kemandirian dan kesejahteraan.
• Menjadikan Kota Jayapura sebagai :
  1. Kota Perdagangan dan Jasa
  2. Kota Pendidikan
  3. Kota Pariwisata dan Pengembangan Budaya Seni dan Olah Raga
• Menjadikan Kota Jayapura sebagai Pusat Pemerintahan dan Pembangunan di Tanah Papua.